Cerqueira César é uma das raras cidades que não nasceu ao redor de uma capela por uma devoção religiosa, mas em consequência da chegada de uma ferrovia.
Os trilhos da Estrada de Ferro Sorocabana chegaram ao local onde se encontra a cidade, no início do mês de novembro de 1896. Não havia nada lá, apenas as plantas nativas do cerrado paulista, animais e os índios Caiuás nas adjacências. Para o alojamento dos ferroviários foram construídos três pequenos ranchos de madeira que deram o nome ao primitivo lugar de TRÊS RANCHOS. Com o fim do Império, o local passou por uma grande crise financeira e os trilhos que vinham da Europa deixaram de ser importados, fazendo com que as obras fossem interrompidas.
Por causa dessa crise financeira, a ferrovia ficou parada por dez anos. Somente em 1906 ela prosseguiu seu traçado até a barranca do Rio Paraná.
O povoado cresceu e se desenvolveu à medida que a estrada de ferro era estruturada. Em 06 de junho de 1889, pela Lei Estadual n° 615, a vila recebeu o título de Distrito de Cerqueira César (pertencendo administrativamente à Avaré). No final de 1899 foi inaugurada a estação, ponto extremo da Sorocabana, trecho da Companhia que desembocava em Cerqueira César e que passaria a servir de transporte e embarque de mercadorias que seriam levadas em lombos de animais para outros pequenos centros urbanos que se fixavam na região.
Então, nesta época, o comerciante português José Joaquim Esteves resolveu construir a primeira casa de hospedagem, em virtude da grande procura por repouso por parte dos forasteiros e trabalhadores de outros lugares que desembarcavam na região, entregando-a ao comerciante Juvenal Gomes Coimbra, que a administrou, tornando-se proprietário em 1.905, juntamente com Porfírio Dias Batista.
O Distrito se desenvolveu rapidamente e, em 10 de outubro de 1917, pela Lei nº 1.556, foi criado o município de Cerqueira César tornando-se comarca de Cerqueira César no dia 18 de fevereiro de 1.959, pela Lei n° 5.285, solenemente instalada no dia 12 de setembro de 1965, nisso desmembrando-se da jurisdição Avareense.
A Câmara Municipal foi instalada no dia 17 de março de 1918.
A primeira escola de Cerqueira César passa a ser o Grupo Escolar fundada em 19 de novembro de 1919.
A primeira capela construída foi dedicada à "Sagrada Família, Jesus, Maria e José", capela esta pertencente à Paróquia Nossa Senhora das Dores de Avaré, até o ano de 1909. No entanto, aos 31 dias de dezembro do corrente ano, tornou-se capela curada, desmembrando-se da Paróquia de Avaré, tendo como seu primeiro cura o Revmo. Pe. Lindholfo Esteves, permanecendo até o ano de 1925. Em 17 de maio de 1925, a Capela é elevada a categoria de Paróquia com o nome de Santa Terezinha do Menino Jesus.
Desde a criação da Paróquia até o presente estiveram à frente da mesma na função de Pároco quatro sacerdotes, sendo a seguinte ordem:
- Pe. José Julianetti, de 1925 a 1942;
- Monsenhor Oscar de Pádua Mello, de 1943 a 1987;
- Pe. Antonio Fábio Rodrigues Zamberlan, de 1988 a 2001;
- Monsenhor Edmilson José Zanin , de 2001 aos dias atuais.
Nota: Em 30 de setembro de 2001, o Arcebispo Metropolitano de Sant'ana de Botucatu, Dom Aloysio declara a paróquia de Santa Teresinha como SANTUÁRIO ARQUIDIOCESANO DE SANTA TEREZINHA DO MENINO JESUS.
Em 1923 foi construído um novo prédio para a estação. Durante todo esse tempo, a estrada de ferro esteve ligada com o progresso da cidade, até que em 15 de janeiro de 1999, passou por ali o último trem de passageiros pertencente à antiga linha tronco da Sorocabana, que posteriormente seria suprimida pela Ferroban. Atualmente ainda é possível verificar a passagem de alguns trens de carga que utilizam a estrada de ferro.
A instalação do primeiro Ginásio Estadual deu-se no dia 06 de maio de 1950, tendo como seu diretor o professor João Soares de Almeida; no início de suas atividades contava com 81 alunos, sendo que a matrícula final no ano se deu com 99 alunos. E a partir de 1963 passou-se a denominar Prof. José Leite Pinheiro, e pela Lei Estadual n° 4.066 de 23 de agosto de 1957, criou-se o curso normal junto ao Ginásio, sendo instalado em 02 de março de 1959 e, em 24 de janeiro de 1966 criou-se o Curso Colegi